איך האר"י חלק על התלמוד?

אם קיבלו עליהם שלא לחלוק על התלמוד או כמו שכתב רב אלחנן דינם כבית דין הגדול , א"כ האיך חלק האריז"ל על התלמוד ?

לשואל, שלום וברכה וחודש טוב! אין לי יד ורגל בכתבי האר"י ז"ל. עכ"פ לפי ידיעתי הקלושה מספריהם של אלו שמכירים את כתביו מעולם לא חלק האר"י ז"ל במפורש על התלמוד ולא ייתכן שיחלוק. ראיתי מובא בשם שער הכוונות למהרח"ו (ירושלים תרל"ג דף נ,ב): "אמר לי מורי (האר"י ז"ל) שיש ברקיע י"ב חלונות כנגד י"ב שבטים, וכל שבט ושבט עולה תפלתו דרך שער אחד המיוחד לו... ולכן ראוי לכל אחד ואחד להחזיק במנהג סדר תפלתו כמנהג אבותיו, לפי שאין יודע מי הוא משבט זה או אחר... וכל זה בענין שינוי התיבות בתפלות, וכיוצא בזה, כגון אם להקדים הודו לברוך שאמר או להיפך, אבל מה שמפורש בתלמוד - זהו דבר השוה לכל נפש ואין חילוק בזה כלל בכל השבטים". וראה בשו"ת וישב הים (ח"ג סי' מ,ג): "בדין זה לא נאמר דבר ולא חצי דבר בספר הזוהר או בכתבי האר"י ז"ל לחלוק בזה על מסקנת התלמוד לדעת הפוסקים, וברור דהטעם הוא שמעולם אין הקבלה חולקת על מסקנת התלמוד". ובאריכות בשו"ת יצחק ירנן (ח"א יו"ד סי' יג-יד, ובפרט עמ' תקנד): "וכל מה שכתב האר"י... אינם נסתרים מדברי התלמוד, שהרי הוא ז"ל אמר שכל מה שנאמר בתלמוד הוא דבר השווה לכל נפש, ובוודאי שלא יפסוק ההיפך מהתלמוד". כמובן יש דברים רבים שהאר"י ז"ל הנהיג ואינם כתובים בתלמוד כלל, או שלפי התלמוד נראה שהם עניינים של רשות, שכל אדם רשאי להחליט כיצד לנהוג בהם, ואילו לפי האר"י ז"ל נכון לעשותם או להימנע מהם (ובסוג זה של דברים הדעה המקובלת היא שהתלמוד נכתב לכל העם ואילו האר"י ז"ל מדבר ליחידי סגולה, ואכמ"ל). יש גם דברים בתלמוד שפירושם שנוי במחלוקת והאר"י ז"ל נוקט עמדה במחלוקת זו. ברם, לא קיים שום נושא שבו התלמוד אומר בפירוש שמצווה לעשות משהו והאר"י ז"ל אומר ח"ו להיפך, שאין מצווה לעשות זאת, או שהתלמוד אומר בפירוש שאסור לעשות משהו והאר"י ז"ל מתירו ח"ו.