עיון מחודש בפרשיות המועדים ילמדנו, שהיום הראשון של ספירת העומר הוא למעשה יום חג ייחודי ש'הוצפן' בתורה.
בפרשת אמור מפרטת התורה את תאריכיהם ומצוותיהם המיוחדות של כל החגים. לעומת זאת, הקורבנות המיוחדים לחגים מוזכרים בפרשת פנחס ולא בפרשת אמור. והנה, בלב פרשת אמור, בין שלל החגים, קוטעת התורה את הרצף ומדברת על קורבנות – קורבן העומר הבא למחרת הפסח, וקורבן שתי הלחם הבא בחג השבועות. הרמב"ן התקשה בכך, וענה שמכיוון שלחג השבועות אין תאריך מיוחד משלו, אלא זמנו ביום החמישים לקרבן העומר, לכן הוזכרו קרבנות אלו, בכדי לציין את זמנו של חג השבועות.
ועדיין נותרנו בתמיהתנו: המתבונן בפרשת המועדים הנ"ל יבחין שלכל חג התייחדה פרשיה – פתוחה או סתומה – בפני עצמה. בנוסף, עניינו של כל חג מתחיל בציווי מיוחד של ה' למשה ("וידבר ה' אל משה לאמר"). והנה, למרבה התמיהה, פרשיות העומר ושבועות שונות מפרשיות שאר החגים: למרות שהן מופרדות לשתי פרשיות, הן נאמרו בציווי אחד של ה' למשה. בדרך זו רומזת לנו התורה, שמחד קיים קשר בין שבועות לקרבן העומר (וכדבריו של הרמב"ן), אולם מאידך – יום הנפת העומר עומד כיום בזכות עצמו, וללא קשר לספירה הבאה בעקבותיו ולחג השבועות שבשיאה.
על כן, נראה שהתורה מלמדת אותנו שיום העומר גם הוא למעין חג בפני עצמו יחשב. זהו היום בו נשלמה כניסתנו אל הארץ בימי יהושע, מפני שביום זה זכינו לראשונה לאכול מפירות הארץ: "ויאכלו מעבור הארץ ממחרת הפסח... וישבות המן ממחרת באכלם מעבור הארץ, ולא היה עוד לבני ישראל מן, ויאכלו מתבואת ארץ כנען בשנה ההיא", ומבארת הגמרא שאכלו מהמן עד ט"ז בניסן, שבו הקריבו את העומר, אכלו מהתבואה החדשה ופסק המן. זו גם הסיבה לכך שפרשית העומר פותחת בתיאור הכניסה לארץ: "כי תבואו אל הארץ אשר אני נותן לכם, וקצרתם את קצירה, והבאתם את עמר ראשית קצירכם אל הכהן", כיון שיום חג זה מציין את הזכות שנפלה בחלקנו לבוא אל הארץ ולאכול מפירותיה.
בכך תתורץ קושיא נוספת: בסוף פרשיית חג השבועות מופיע הציווי על מצוות הקציר – לקט ופאה. והלא הפרשה כולה עוסקת במועדים השונים, ומה מקום למצוות אלו באמצע פרשה זו? אלא, שרצתה התורה להדגיש שיום העומר וחג השבועות שונים מכל יתר המועדים, בכך שהובלע כאן מעין חג נוסף לזכר מאורע מיוחד – חגם של פירות הארץ (לתירוץ אחר ראה במדרש וברש"י שם).
כעת נוכל להבין את עומקו של מאורע נוסף שאירע בתאריך ט"ז בניסן – הפיכת סדום. סדום, העיר החוטאת, טימאה את ארצנו הקדושה. שפע הברכה הגדול של יבול ארצנו הקדושה, "כגן ה' כארץ מצרים", נלקח על ידה כדי להפכו למקור התבהמות והסתאבות. בארץ העמים הטמאה יתכן וה' היה מעלים עיניו, אך לא כן בפלטרין של מלך, שחייב להיות נקי וממורק.
והנה הגיעה עת הטהרה. המלאכים בישרו לאברהם על לידת יצחק בט"ו בניסן, ולעת ערב הגיעו לסדום, כלומר ביום ט"ז בניסן. "וכמו השחר עלה" – בעת הנץ 'יום העומר' – המטיר ה' על סדום ועמורה גופרית ואש מן השמים. בשעה גדולה זו, עליה נאמר בהלכה שבזמן שהמקדש חרב ובעוונותינו אין עומר הרי שמדאורייתא "האיר מזרח התיר" את אכילת החדש, נטהרה הארץ מטומאתה של סדום.
כל זמן שלא נולד ישראל, יכולה היתה הארץ לסבול את הטומאה. אולם, ברגע שהחלה נשמתו של יצחק, הילד היהודי הראשון, לרדת לעולם – הגיע הזמן לטהרתה של הארץ. אכן, כמה וכמה פעמים כורכת התורה את בשורת לידת עם ישראל עם בשורת נחלת הארץ, ולפיכך, משבאים ישראל לעולם, הרי שהיא מתחילה להיטהר ומשלימה את הכנותיה לקליטתם של ישראל בתוכה. כאמור, ענין זה מתרחש ביום בו יכנסו ישראל לארצם ויאכלו מפירותיה לראשונה, וכן ביום בו יחלו מדי שנה להנות מאכילת פירות השנה החקלאית החדשה.
בכל שנה ושנה, ביום ט"ז בניסן, אנו שבים ומציינים יום חשוב זה וסופרים ממנו את ספירת העומר הקרויה על שמם של פירות הארץ – ספירת העומר (ולא ספירת מתן תורה). וכך, הולכים אנו ועולים במעלות פירות הארץ דרגה אחר דרגה עד לחג השבועות, בו מוקרבים "שתי הלחם" המתירים להקריב את תבואת הארץ החדשה במקדש. אז, כאשר הקומה החומרית בנויה לתלפיות בקדושה ובטהרה, ראויים אנו לקבל את האור הרוחני – אור מתן תורה.