עניין ערי המקלט תופס מקום חשוב בסוף ספר במדבר. אחרי העיסוק ברוצח בשוגג מצווה התורה באופן מוחלט וחד משמעי:


הויכוח סביב עונש המוות, חוצה חברות גם במדינות הרואות עצמן חלק מן התרבות המערבית. הצורך להגן על החברה באמצעות עונש מרתיע מתנגש עם שלש טענות עיקריות:
א. יש אי מוסריות בלקיחת חיי אדם, גם בגלל שרק מי שנתן חיים רשאי לקחת אותם.
ב. האדם איננו חסין מטעויות וטעות בתחום זה היא בלתי הפיכה ובלתי ניתנת לתיקון.
ג. הריגה איננה מתקנת את העוול שנעשה.
ד. כליאת הפושע מבטיחה אי הישנות הפשע גם ללא צורך בביצוע עונש המוות.

התורה דוחה את כל הטענות הללו, לפחות בעניינו של רוצח במזיד:
א. נותן התורה, בורא עולם הוא המצווה להעניש את הרוצח בדין מוות.
ב. סדרי הדין המחמירים בדינו של רוצח מבטלים את החשש של טעות, שהרי כל ספק מזכה את הרוצח.
ג. התורה אוסרת עלינו לקחת כופר מן הרוצח, גם אם הדבר ישתלם לחברה. כגון אם הרוצח יתרום את זמנו ו/או רכושו לטובת החברה.
ד. עונש כליאה בעיר מקלט שמור אך ורק לרוצח בשגגה.

עיון בפסוקים מראה כי התורה מוסיפה ומדגישה נימוק נוסף. אי הענשת רוצח במזיד "מחניפה" ומטמאת את הארץ. בני ישראל חייבים להקים חברה שערכיה הם ערכי צדק, כך יוכלו לחיות את חייהם בקדושה ובטהרה במקום בו השכינה שורה. ערכי צדק אלה מחייבים הענשתו של רוצח במזיד בעונש מיתה. אי הריגתו של הרוצח מגרשת את השכינה.
הבנה שכזו יכולה להסביר פרט עקרוני ולכאורה תמוה בצוואתו של דוד לשלמה בנו. דוד מצווה את שלמה:

צריך עיון! אם יואב היה חייב מיתה על פי דין, מדוע דוד לא העמידו למשפט והוציאו חייב ואם היה פטור מדוע כל כך חשוב ששלמה הצעיר יטפל בבעיה?
על פי דברינו, ניתן לומר כי טובת הציבור הייתה שלא לפגע ביואב שהפיל את חיתתו על כל מרחבי המזרח התיכון וניצח את כל אויבי דוד וישראל. אומנם, עתה עם עלייתו של שלמה לשלטון עולה על הפרק שאלת בנין בית המקדש והשכנת השכינה בתוכו. דוד הבין כי כל עוד לא מענישים את הרוצח, זה בבחינת "החנפת הארץ" ו"גרוש השכינה". גם אם בית המקדש יבנה פיזית השכינה לא תשרה בו ח"ו. לכן אין ברירה, זה המסר של הפסוקים המיוחדים הללו. אסור לוותר לרוצחים אם רוצים במצב של:


הבה נתפלל כי השכינה תשרה ומניעות מסוג זה כלל לא תהיינה.