שכרו של פנחס בן אלעזר, כמתואר בתחילת הפרשה, היה רב מאוד וז"ל הכתוב:
" לָכֵן אֱמֹר הִנְנִי נֹתֵן לוֹ אֶת בְּרִיתִי שָׁלוֹם: וְהָיְתָה לּוֹ וּלְזַרְעוֹ אַחֲרָיו בְּרִית כְּהֻנַּת עוֹלָם" (במדבר כ"ה יב-יג)
מאידך, חז"ל מוסרים לנו כי פנחס נזקק להגנה מיוחדת של הקב"ה כדי שלא יפגע בגלל קנאותו.
ה"סייעתא דשמיא" המיוחדת באה לידי ביטוי בכמה תחומים:
א. "אמר רבי יוחנן: ששה נסים נעשו לו לפנחס" (סנהדרין פב ע"ב). ללא נסים אלה פנחס היה יוצא חייב בדינו כרוצח ולבית הדין של משה לא הייתה ברירה אלא לחייבו מיתה.
ב. "בקשו מלאכי השרת לדחפו, אמר להן: הניחו לו, קנאי בן קנאי הוא, משיב חימה בן משיב חימה הוא" (שם). על פי דעה זו גם בבית דין של מעלה היה פנחס יוצא חייב לולא התערב הקב"ה בדינו וציוה הניחו לו.
ג. "התחילו שבטים מבזין אותו: ראיתם בן פוטי זה, שפיטם אבי אמו עגלים לעבודה זרה, והרג נשיא שבט מישראל! בא הכתוב ויחסו: פנחס בן אלעזר בן אהרן הכהן. אמר לו הקדוש ברוך הוא למשה: הקדם לו שלום" (שם).
גם מבחינת המעמד הציבורי ואולי מה שנקרא היום "יחסי ציבור", נזקק פנחס לסיוע מיוחד. ההשמצות שהתבססו על יחוסו הלכאורה מפוקפק, הושתקו רק לאחר פעילותו הנמרצת של משה בשליחות המקום.

אחד הלקחים מכך הוא, שמי שמתיימר ללכת בעקבותיו של פנחס ולפתור בעיות, יהיו חמורות ככל שיהיו, על ידי מעשה קנאות, כדאי שיקח בחשבון שהתערבות אלוקית אינה מובטחת גם לו.
גם לאחר "סייעתא דשמייא" מיוחדת זו, מנהיגותו של פנחס נמצאת בצל תוצאותיה הקשות של קנאותו. הרי פנחס לקח על עצמו את הסמכות והאחריות השמורה רק לסנהדרין של עשרים ושלשה, אשר קיבלו עדות של שני עדים כשרים שהתרו בחוטא שקיבל את ההתראה. פנחס היה גם הדיין וגם העדים וגם שליח בית הדין המוציא לפועל את ההחלטה.
מצד שני, אי פעולה מצידו של פנחס ואי תגובה על "נישואי התערובת" של נשיא שבט שמעון, ערב הכניסה לארץ ישראל, הייתה עלולה לשדר מסר של התבוללות שעלול היה לסכן את עתיד העם, גם בארצו.
פנחס הנהיג את עם ישראל רוחנית בתקופת השופטים לאחר הסתלקותם של יהושע ואלעזר אביו. על פי חז"ל, מנהיגותו נמשכה במשך רוב רובה של תקופה זו. הפסוקים המזכירים את פנחס כתובים בדרך האומרת דרשני.
וז"ל הכתוב בספר שופטים:
"וּפִינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר בֶּן אַהֲרֹן עֹמֵד לְפָנָיו בַּיָּמִים הָהֵם (ימי פלגש בגבעה)" (כ' כח)
גם עזרא הסופר בדברי הימים נוקט לשון דומה:
"וּפִינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר נָגִיד הָיָה עֲלֵיהֶם לְפָנִים יְקֹוָק עִמּוֹ" (א ט' כ).
על פי סדר עולם רבה, המאורעות הקשים של ימי פלגש בגבעה התרחשו בתחילת תקופת השופטים. למרות זאת חז"ל טוענים שגם כשלש מאות שנה מאוחר יותר, בימי יפתח הגלעדי, פנחס היה הכהן הגדול שעמד בראש המערכת הרוחנית של העם. וז"ל בעלי התוס' המבוססת על המדרש:
"אלא מתוך גסות רוחו (של יפתח) אמר לא אלך אצלו שאני שופט ונגיד אלא יבא אצלי, ופנחס אמר יבא אצלי שאני נביא ועל ידי תהא פטורה שהייתי מתיר הנדר ופוטר אותה. לבסוף נענשו שניהם יפתח נענש שנפלו אבריו קודם מיתה כדכתיב ויקבר בערי גלעד ופנחס נענש דכתיב לפנים היה ד' עמו" (תוספות תענית דף ד ע"א).
מה מיחד שתי תקופות אלה? בתקופות אלה ניתשו מלחמות אחים נוראיות אשר בכל אחת מהן נפלו עשרות אלפים בידי אחיהם. לצערנו, המנהיג הרוחני, הכהן הגדול, של אותה תקופה לא יכול היה להנהיג מערכה ציבורית תחת הסיסמא "יהודי לא הורג יהודי".
דווקא בימים טרופים אלה של משבר מנהיגות מתמשך, הבה נפנים, במיוחד, בפרשת פנחס את כלל הברזל:"יהודי לא הורג יהודי" .