הויכוח שהתלקח בקהילות השונות הביא לכמה תוצאות: מחד, היו קהילות שנמנעו מללמוד את "מורה נבוכים", לפחות עד לגיל מסויים. ומאידך, היו קהילות בהן פרח העיסוק בפילוסופיה. כך היה בדרומה של צרפת - בפרובנס, ובכמה קהילות נוספות. באחת מאלה, כשני דורות לאחר הרמב"ם חי ופעל אחד המלומדים הגדולים ביותר של ימי הביניים באירופה - ר' לוי בן גרשום.
ספר "אמונות ודעות" חותם פרק מסויים בתקופת הגאונים. רב סעדיה גאון פותח זרם חדש: פילוסופיה יהודית, אבל הוא גם בין חותמי הפרק ההלכתי הגדול של מפעל הגאונים.